Horizon Europe består af tre forskellige søjler:
- Søjle 1, videnskabelig topkvalitet, omhandler støtte til fri forskning samt forskermobilitet og uddannelse.
- Søjle 2, globale udfordringer og europæisk industriel konkurrenceevne, er inddelt i seks tematiske klynger, som fokuserer på at skabe løsninger på de største globale samfundsudfordringer på områder som sundhed, sikkerhed, fødevarer, klima, kultur og digitalisering m.fl. Hver klynge har sit eget arbejdsprogram, hvori der indgår en række konkrete ønskede effekter.
- Søjle 3, innovativt Europa, har fokus på innovationsstøtte til især virksomheder, herunder tests, demonstration og innovative løsninger.
Inden for disse søjler findes mange muligheder for at søge EU-midler til projekter, som producerer verdensklasse forskning, udvikler innovative løsninger på Europas udfordringer, støtter virksomhedsprojekter og fremmer offentlig-privat samarbejde.
Midlerne i Horizon Europe består af projektstøtte, priser, udbudskontrakter og finansielle instrumenter inden for en lang række af sektorer fra landbrug til transport og bioteknologi.